Différentes instances collaborent pour piloter l’IET. Le Conseil de direction assure le lien entre l’IET et les institutions partenaires, et approuve les plans, programmes, politiques, priorités et budgets de l’IET. Le Comité exécutif assure la gestion de l’IET. Le Comité consultatif conseille l’IET sur son développement et son positionnement (orientations scientifiques, axes de recherche et analyses à privilégier, stratégies de diffusion et de valorisation des activités à explorer).